為了分析在規(guī)范的身體計(jì)劃軸期間的胚胎發(fā)育早期中的轉(zhuǎn)錄及Pol II中斷，Saunders等人在產(chǎn)卵2到3小時(shí)后的果蠅胚胎中實(shí)施了總體的核不分段測(cè)序（GRO-seq）。GRO-seq利用高通量測(cè)序，從而識(shí)別從事全基因組Pol II轉(zhuǎn)錄的位置。作者按照基因體中Pol II表現(xiàn)的堿基的轉(zhuǎn)錄活性或失活行進(jìn)行的基因分類，同時(shí)還基于啟動(dòng)子上存在的額外Pol II的Pol II中斷或非中斷。他們發(fā)現(xiàn)，Pol II中斷是廣泛存在的，在55%的基因中發(fā)生，包括80%的轉(zhuǎn)錄活性基因。這些數(shù)值高于之前來(lái)自哺乳動(dòng)物細(xì)胞系的評(píng)估，并且可能反映了發(fā)生在胚胎發(fā)育期間的大量轉(zhuǎn)錄重排。
跟隨轉(zhuǎn)錄開始的真核RNA聚合酶II（Pol II）中斷在不同的物種中成為一個(gè)普遍的基因調(diào)控機(jī)制，盡管在發(fā)育中的功能性作用的特征并不明顯。對(duì)果蠅發(fā)育的新研究表明，Pol II中斷是廣泛存在的，并且對(duì)于原腸胚形成期間的同步基因表達(dá)是至關(guān)重要的。
接下來(lái)，作者比較了兩個(gè)時(shí)間點(diǎn)之間的GRO-seq數(shù)據(jù)，旨在搞清發(fā)育基因是否被Pol II中斷釋放所調(diào)整（通過(guò)改變連同Pol II啟動(dòng)子占用的相應(yīng)變化的基因表達(dá)所推斷）。作者發(fā)現(xiàn)了路徑間的變化性：前后和背腹模式路徑中的大多數(shù)基因是由Pol II中斷釋放所調(diào)整的，而這大約僅僅發(fā)生在塞爾達(dá)轉(zhuǎn)錄因子的1/3基因標(biāo)靶中。
在一項(xiàng)單獨(dú)的研究中，Lagha等人測(cè)試了Pol II中斷在發(fā)育基因中的功能價(jià)值。
通過(guò)在果蠅胚胎中使用定量顯微鏡，他們*次分析了tup和pnr基因的感應(yīng)動(dòng)力學(xué)特征，它們與背部組織的規(guī)范有關(guān)。與pnr不同，tup已知能夠被中斷的Pol II調(diào)整，并且經(jīng)歷了在胚胎細(xì)胞中高度同步的快速感應(yīng)。作者設(shè)計(jì)了進(jìn)入報(bào)告基因表達(dá)構(gòu)成的pnr和tup上游序列的不同部分，并發(fā)現(xiàn)，啟動(dòng)子序列，而不是增強(qiáng)子序列，足以指導(dǎo)Pol II中斷，并導(dǎo)致同步基因表達(dá)。
由于全基因組Pol II占用數(shù)據(jù)，作者注意到Pol II占用在不同的基因之間以一種連續(xù)的模式發(fā)生著變化，因此之前認(rèn)為基因“中斷"或“非中斷"可能過(guò)于簡(jiǎn)單了。實(shí)際上，在利用這些啟動(dòng)子中的6個(gè)來(lái)驅(qū)動(dòng)一個(gè)報(bào)告基因后，他們指出，Pol II中斷程度的漸變與轉(zhuǎn)錄的水平和同步性是相互關(guān)聯(lián)的。
測(cè)試Pol II中斷在不同物種中的額外發(fā)育設(shè)置中的價(jià)值將是一件很有趣的事情。
zui終，作者利用其中的兩個(gè)啟動(dòng)子在蝸牛基因啟動(dòng)子中測(cè)試了Pol II中斷的功能。在果蠅原腸胚形成期間，同步的蝸牛轉(zhuǎn)錄控制了約1,000個(gè)中胚層細(xì)胞內(nèi)陷的協(xié)調(diào)。重要的是，用缺乏中斷或具有較弱中斷的啟動(dòng)子替代蝸牛啟動(dòng)子，導(dǎo)致了不同步的蝸牛表達(dá)以及嚴(yán)重的原腸胚形成缺陷。
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