|
|
| 研究生發現更全面染色體測序方法 |
|
| 點擊次數：934 更新時間：2011-12-20 |
| |
研究生發現更全面染色體測序方法
來自韓國延世大學（Yonsei University） ，南加州大學USC生命科學學院分子與生物信息學課題組的生物學家發展了一種能對一個生物體全部染色體進行測序的新方法，這一研究方法發表在Genome Research雜志上。
統計學方法的作用是巨大的，因為當研究人員宣布他們完成了一種生物體基因組的測序的時候，實際上意味著他們已經獲得了兩條染色體的測序融合的結果，但是USC生物信息學家Lei Li表示，“這并不代表事實。”
在這篇文章中，Li和USC另外一位教授：Michael Waterman指導了他們的研究生Jong Hyun Kim（文章的*作者和通訊作者）從已經公布的測序數據中，獲得了一種海洋無脊椎動物：Ciona intestinalis的染色體全部序列。
Kim的這種方法利用了生物體中的高基因突變率，其它的也同樣具有高基因可變性的生物，比如魚類，都可以適用于這種方法。但是由于人類基因組相對而言突變率低，因此這種方法并不適合。
但是Kim表示，這種方法也許可以用于人類基因組中那些高可變性的區域的測序。同時研究人員也發現了更多數據證明所謂的垃圾DNA也許是具有某種功能的。
近期的研究表明垃圾DNA表達的蛋白可以調控基因功能，而且垃圾DNA在進化過程中是高度保守的，這也說明了它們的重要意義——這篇Genome Research的研究確認了許多垃圾DNA的短片段是保守的。
那么這一種測序方法到底是什么呢？其關鍵核心步驟就是一個Gibbs sampling程序（吉布斯取樣法），這是一個probabilistic inference常用的方法，主要適用于不*信息的拷貝等。利用這種方法，研究人員估計Ciona intestinalis的多態性率是1.2%和1.5%（兩種不同的多態性計算方法）。
過這些重構分析，研究人員獲得了度為97%的單體型估測，從而構建了一種比較分析學的方法，可以用于研究脊索動物保守DNA元件模式。
|
|
| |
|
|
