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試劑盒提DNA的原理

點擊次數:6375 更新時間:2012-04-25
 

基因組DNA提取試劑盒簡介

 

DNA是遺傳信息的載體,是zui重要的生物信息分子,是分子生物學研究的主要對象,為了進行測序、雜交、基因表達、文庫構建等試驗,獲得高分子量和高純度的基因組DNA是非常重要的前提,因此基因組DNA的提取也是分子生物學試驗技術中zui重要、zui基本的操作之一。

提供各種不同樣品基因組DNA提取試劑盒,如植物、動物、細菌、細胞、血液、酵母等基因組DNA提取試劑盒。所提取的基因組純度高,片段大小在50kb左右。用戶可根據需要選用不同的試劑盒來進行不同樣品的抽提。

一、基因組DNA提取的原則

1、保證核酸一級結構的完整性(因為遺傳信息全部儲存在核酸一級結構中,故完整的一級結構是保證核酸結構與功能研究的基層)。

 

2、排除其它分子(如蛋白質、多糖,、脂類、有機溶劑等)的污染,使下游試驗順利進行。

 

二、基因組DNA提取的原理和方法

DNA與組蛋白構成核小體,核小體纏繞成中空的螺旋管狀結構,即染色絲,染色絲再與許多非組蛋白形成染色體。染色體存在于細胞核中,外有核膜及胞膜。從組織中提取DNA必須先將組織分散成單個細胞,然后破碎胞膜及核膜,使染色體釋放出來,同時去除與DNA結合的組蛋白及非組蛋白。

 

1、樣品預處理

從各種不同來源的樣品(如細菌、酵母、血液、動植物組織細胞等)中提取高純度的基因組DNA,因細胞結構及所成分不同,樣品預處理方式也不同,以下簡單介紹常用提取材料的預處理方式,若需詳細了解,請參考本公司各基因組DNA提取試劑盒說明書。

 

部分樣品預處理方式

植物材料液氮研磨

動物材料勻漿、液氮研磨

培養細胞蛋白酶K處理

細菌溶菌酶破壁

酵母破壁酶破壁、玻璃珠研磨

血液紅細胞裂解液去紅細胞

 

 

2、細胞裂解

CTAB法:

適用于植物組織、真菌等。

CTAB是一種陽離子去污劑,可溶解細胞膜,并與核酸形成復合物。該復合物在高鹽溶液中(>0.7M NaCl)是可溶的,通過有機溶劑抽提,去除蛋白、多糖、多酚等雜質后加入乙醇沉淀即可使核酸分離出來。

 

SDS法:

適用于細菌、血液、酵母、動物組織、細胞等。

SDS是一種陰離子去污劑,可溶解細胞膜,裂解細胞,使蛋白質變性、染色體解析。

 

其它裂解方法:

物理方式:機械剪切、超聲波破碎、研磨勻漿等

化學方式:異硫氰酸胍、堿裂解等

酶法:蛋白酶K

 

3、DNA分離純化

純化要求:

核酸樣品中不應存在對酶(如核酸內切酶、DNA聚合酶等)有抑制作用的成分。

其它生物大分子如蛋白質、多糖、多酚和脂類分子等污染應降低到zui低程度。

排除其它核酸分子的污染,如提DNA時應去除RNA,反之亦然。

 

純化方法:

細胞破碎后,常使用吸附材料結合方法去除雜質和純化DNA,主要有硅基質材料、陰離子交換樹脂和磁珠等。因硅基質材料可特異吸附核酸DNA,使用方便、快捷,不需要使用有毒溶劑如酚、等,使得提取基因組像過濾一樣簡單,因此硅基質材料成為大規模分離純化DNA的通用方法。

 

硅基質材料吸附核酸的原理:主要利用DNA在高鹽低pH值環境下與硅基質材料相結合,在低鹽高pH值環境下與硅基質材料脫離的特征。其機理可能是高濃度鹽離子破壞了硅基質水分子結構,形成陽離子橋,當鹽被清除后,再水化的硅石破壞了基質和DNA之間的吸引力,因而DNA從硅基質上被洗脫下來。

 

注意事項:

盡量簡化操作步驟,縮短提取過程,以減少各種有害因素對核酸的破壞。

 

減少化學物質對DNA的降解,為避免過酸、過堿對DNA雙鏈中磷酸二酯鍵的破壞,操作多在pH值4.0-10.0的條件下進行。

 

防止基因組DNA的生物降解,主要是DNase降解基因組DNA,DNase需二價金屬陽離子如Mg2+等的激活,可用EDTA等金屬離子螯和劑螯和Mg2+以抑制DNase的活性。

 

減少物理因素對DNA的降解,物理降解因素主要包括機械剪切力(如劇烈振蕩、攪拌等),細胞突然置于低滲液中導致的細胞爆炸式破裂,DNase大量釋放,樣品反復凍融和高溫等。

 

4、DNA洗脫收集

DNA的洗脫效率取決于以下重要因素:

洗脫液成分:

采用硅基質膜吸附的DNA,可將DNA在低鹽高pH值條件下洗脫下來。pH值在7.0-8.5之間洗脫效率較高,pH值低于7.0則洗脫效率很低。一般基因組提取試劑盒中的洗脫緩沖液就是TE(pH8.0),既為DNA從硅基質膜上洗脫下來提供良好的pH環境,其中的EDTA又能保證DNA不被DNase降解,同時由于EDTA濃度非常低,對核酸內切酶、DNA聚合酶的影響非常微弱,不影響后續試驗,可放心使用。

 

洗脫液體積:

當洗脫液體積小于30ul時,洗脫效率很低且不穩定;當洗脫液體積在50-200ul時,洗脫效率穩定在80-90﹪,并可保證得到zui大產量,因此洗脫液體積不能小于30ul。

 

加洗脫液部位:

100-200ul洗脫液能*覆蓋硅基質膜,DNA的洗脫量可得到保證,但當洗脫液體積較少如30-50ul時,須在硅基質膜中間部分懸空滴加洗脫液,以確保少量的洗脫液能*覆蓋硅膠膜。

 

洗脫液的溫度:                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      

在加洗脫液之前,先將洗脫液在60-75℃水浴中預熱10分鐘,可有效提高DNA的洗脫效率。

 

洗脫時間和次數:

加入預熱的洗脫液后,可在室溫放置2-5分鐘使DNA*溶解在洗脫液里通過離心而洗脫下來。同時可進行二次或三次洗脫,即將前次洗脫下來的洗脫液再上柱、離心,使前次沒有洗脫下來的DNA再次溶解在洗脫液里,從而提高DNA的產量。

 

5、DNA的定量及檢測

提取得到的DNA,片段需從分子質量、濃度、純度等方面進行檢測,從而判斷DNA質量。

用瓊脂糖凝膠電泳分析DNA分子質量:

得到的基因組DNA,片段的大小與樣品保存時間、操作過程中的剪切力等因素有關。基因組DNA提取試劑盒提取的不同材料基因組DNA,片段大小一般在50kb左右,能很好地滿足后續試驗的要求。

 

通常用瓊脂糖凝膠電泳分析DNA分子質量時,以溴酚藍為示蹤染料,EB染色,紫外觀察,并與DNA分子量標準對照即可判斷所提DNA的平均分子量。高質量的基因組DNA應顯示為單一條帶,如DNA降解則表現為彌散條帶。

 

用紫外分光光度計檢測DNA濃度和純度:

濃度測定:

DNA在OD260處有顯著吸收峰,OD260值為1相當于大約50ug/ml雙鏈DNA。

以下簡單介紹OD260的測定方法:

所提基因組DNA樣品=100ul

進行OD260值測定的待測樣品=20ul所提基因組DNA樣品+180ul TE=200ul

DNA稀釋倍數=200ul/20ul=10倍

如200ul待測樣品OD260值=0.2

待測樣品濃度(即100ul基因組DNA樣品濃度)=50ug/ml×OD260值×稀釋倍數=100 ug/ml

所提100ul基因組DNA樣品總量=100 ug/ml×100ul=10ug DNA

純度測定:

一般用OD260/OD280值檢測DNA樣品的純度。正常OD260/OD280值約為1.7-1.9,說明DNA純度較好;若OD260/OD280值小于1.7,說明可能有蛋白污染;若OD260/OD280值大于2.0,說明可能有RNA污染或DNA已經降解。

注:因為pH值和離子會影響光吸收值,因此洗脫時如不使用洗脫緩沖液,而使用去離子水,OD260/OD280值會偏低,但并不表示純度低。

 

6、DNA的儲存

儲存溶液:

DNA為兩性解離分子,在堿性條件下較穩定,因此一般用TE(pH8.0)保存。TE的成分為:10 mM Tris-HCl(Tris與鹽酸形成強的緩沖對);1 mM EDTA(乙二胺四乙酸,能螯合二價金屬陽離子,抑制DNase的活性);pH8.0(堿性條件可減少DNA的脫氨作用,防止降解)。ddH2O的正常pH值為7.0,可作為DNA的儲存液,但有些試驗室制備的ddH2O呈酸性(pH值小于7.0),這不僅影響DNA的洗脫效率,而且導致長時間保存的DNA容易發生降解。因此建議用TE作為DNA的長期儲存液。

儲存條件:

為避免DNA降解,提取的DNA應先進行分裝,然后置于-20℃或-70℃保存,同時注意避免反復凍融造成DNA降解。

 
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